Ник Фьюри осознает, что последствия столкновения с ГИДРОЙ гораздо серьезнее, чем он думал. Он начинает расследование и выясняет, что группа ученых в ОсCorp проводит эксперименты с генетической модификацией пауков и сывороткой, которые могут привести к возникновению сверхспособностей у людей. Ник Фьюри решает включить в расследование Питера Паркера и Гвен Стейси, чтобы они помогли найти и остановить Осборна и его сообщников.

Питер и Гвен вместе исследуют свои новые способности и осознают, что у них есть огромный потенциал для доброго дела. Гвен время от времени заигрывает с Питером, а так же они разрабатывают план по использованию своих способностей, включая использование рекламных ходов, чтобы привлечь внимание и поддержку общества в борьбе с преступностью.

Один из главных преступников решает использовать единственную возможность для своих корыстных целей и нанимает Электро, чтобы уничтожить Человека-Паука. Питер и Гвен, решив остановить Электро, выслеживают его источник энергии и готовятся к сражению.

Вскоре становится ясно, что ситуация гораздо сложнее и опаснее, чем они ожидали. Не только Питер и Гвен противостоят своим противникам, но и Ник Фьюри и его команда также проникают в ОсCorp, чтобы остановить опасные эксперименты и уничтожить ГИДРУ раз и навсегда.